元末吴置。
明太祖洪武元年(1368)，罢除江南行中书省，设置京师(后改南京)，扬州府属之。二十三年，分六合属应天府，崇明属苏州府，扬州府领3州7县，并直辖江都、仪真、泰兴县，高邮州领宝应、兴化县，泰州领如皋县，通州领海门县。
清顺治二年(1645)，设立江南省，扬州府属之。乾隆二十五年(1760．)，江南省正式分为江苏、安徽二省，扬州府属江苏省。咸丰三年(1853)四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月。
清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属”。
宣统三年九月十七日(1911年11月7日)，扬州光复。二十日，扬州军政分府宣布成立，隶属镇江都督管辖。
民国元年(1912)1月，废扬州府。