秦灭巴,置郡县,属巴郡枳县。
汉,区境属巴郡枳县。两晋,分益州设梁州,市境属梁州巴郡枳县,成汉时属荆州巴郡枳县。东晋时,巴郡改属梁州,区境复属梁州巴郡枳县。
刘宋,改巴郡属益州,区境属益州巴郡枳县。南齐,置巴州,区境改属巴州巴郡枳县。南梁,改巴州为楚州,区境属楚州巴郡枳县。西魏,改楚州置巴州,区境复属巴州巴郡枳县。北周,复改巴州为楚州,仍置巴郡,区境复属楚州巴郡枳县。明帝武成三年(561),省枳县入巴县,区境属楚州巴郡巴县。
隋,区境属渝州巴县。唐贞观十一年(637),析巴县置隆化县,以城西永隆山得名,治今隆化镇,隶山南道涪州,延续至五代十国时期。先天元年〔712〕避唐玄宗李隆基讳,改名为宾化县。
南宋嘉熙三年(1239),南平军治迁隆化县(废古南川县),隶属未变,直到南宋末。
元至元十六年(1279),立四川南道宣慰司,十八年置四川行中书省,二十二年(1285)废南平军,以南江在綦,而其一源出自南川,遂改隆化县为南川县。至正二十三年(1363),明玉珍称帝,国号夏,历时9年,南川县属大夏国。
清顺治三年(1646),改布政使司为省,南川县隶四川省重庆府。嘉庆七年(1802),设道辖府,南川县隶四川省川东道重庆府。
民国元年(1912),南川县隶四川军政府;二年(1913),隶四川省川东道重庆府;三年(1914),隶四川省东川道重庆府;十七年(1928),废道,隶四川省重庆府;二十四年(1935),隶四川省第八行政督察区(治酉阳县)。
1950年,南川县隶川东行署涪陵专区,1952年,复行省制,设涪陵专区,隶四川省涪陵专区;
1968年,改专区为地区,隶四川省涪陵地区。
1994年4月5日撤销南川县,设立南川市(县级),以原南川县的行政区域为南川市的行政区域。
2006年10月22日,撤销南川市,设立南川区。