清顺治元年(公元1644年),清兵入关、定都北京后,
摄政王多尔衮以书征召
冯铨,恢复其大学士职衔,令其入清廷内院协理机务。顺治二年(公元1645年),授弘文院大学士兼
礼部尚书,后多次出典
会试。顺治六年(公元1649年),加
少傅兼
太子太傅。顺治十二年(公元1658年),加
少师兼太子太师。
冯铨与大学士
洪承畴曾疏请恢复明朝
票拟旧制,又与大学士
谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸
言官弹劾,期间曾罢官,后复出。顺治十三年(公元1656年),
冯铨以年老加太保致仕,但仍留在清廷以备顾问,其后经奏请皇帝批准回到原籍。顺治十六年(公元1659年),改设内阁,清廷命其以原衔兼
中和殿大学士。
冯铨于
康熙十一年(公元1672年)卒,谥“文敏”,但随即又削除其谥号。