关于独孤部的起源，有两种说法。
1、东汉皇孙刘进伯之后：
出自《晋书》，刘秀裔孙刘进伯官任度辽将军，在一次平定匈奴叛乱的战斗中被俘，被匈奴人软禁于独山之下，娶妻生子，后代有一个叫“尸利单于”的人，自号“独孤”（意思即独山下的孤儿），传至六世孙罗辰时，随北魏孝文帝迁居洛阳，遂为河南人，以其部为姓，称为独孤氏。
出自史学家胡三省的注解：“魏氏之初，三十六部，其先“伏留屯”者，与魏俱起，为部落大人，遂为独孤部。
第一个说法有附会之嫌，第二个说法比较笼统，按照独孤部所处的位置分析，独孤部当是来源自河东匈奴。靳准之乱后，刘曜与石勒瓜分汉赵国的政治遗产，遗留在并州北部的匈奴遗民组成了新的部落，以独孤自名。又有一部分逃入山中，被称为山胡或者稽胡。
自从汉末南匈奴分裂，至汉国、前赵相继灭亡，“匈奴”这杆旗帜彻底失去号召力，匈奴后裔纷纷重组，屠各、宇文、沮渠、贺兰、铁弗、独孤、稽胡等新部落先后出现，盖一理也。
