继承兄位
太和五年（370年），前燕被前秦所灭亡后，包括慕容冲及其兄慕容泓在内的众多鲜卑慕容部人被迁往关中。太元九年（384年），慕容冲之叔慕容垂叛秦建立后燕，慕容泓亦于关中举兵自称济北王。时任平阳太守的慕容冲在河东起兵，有两万人，进兵攻击蒲坂，苻坚令窦冲征讨他。窦冲在河东攻击慕容冲，大败慕容冲，慕容冲率骑兵八千投奔其兄慕容泓军中。
占据阿房
七月，苻坚听说慕容冲离长安二百余里，就撤兵而回，令抚军将军苻方戍守骊山，拜苻晖为使持节、散骑常侍、都督中外诸军事、车骑大将军、司隶校尉、录尚书，配给五万兵力抵御慕容冲，河间公苻琳为中军大将军，作为苻晖的后援部队。慕容冲就命妇人乘牛马充数，举竿子为旗，扬土为灰尘，督促勉励他的军众，早晨在郑西进攻苻晖军营。苻晖出兵拒战，慕容冲扬尘击鼓呐喊，苻晖军战败。苻坚又任尚书姜宇为前将军，与苻琳率军三万，到灞上攻击慕容冲，被慕容冲打败，姜宇战死，苻琳身中流箭，慕容冲于是占据并入住阿房城。
进逼长安
九月，慕容冲进逼长安，苻坚登上城头观望，叹息道：“这些虏贼从哪里出来的？这么强盛！”大声斥责慕容冲说：“你们这些群奴正好放牧牛羊，为什么来送死！”慕容冲说：“奴就奴罢，已经厌倦了为奴之苦，又要把你取而代之。”苻坚派使者送一领锦袍给慕容冲，称诏旨说：“古人交战，使者在中间往来。卿远来诸事草创，能不劳苦吗？现赠送一领锦袍，以表明本心。朕对卿的恩分怎么样，而一夜之间出现这样的变故！”慕容冲命詹事回答，亦称“皇太弟有令”：“孤现在心在天下，岂能顾念一领锦袍的小恩惠。如果能知道天命，就可以君臣束手，停止交战，早点把皇帝送出来，自然会宽赦苻氏，以酬报旧好，终将不让以往所做的善事成为没有可相提并论的独美”。苻坚大怒说：“我不听从王猛、阳平公之言，使得白虏敢到这样的地步。”
称帝改元
太元十年（385年）正月，慕容冲在阿房城称帝，改年号为更始。苻坚与慕容冲交战，各有胜负。苻坚曾被慕容冲军包围，前秦殿中上将军邓迈、左中郎将邓绥、尚书郎邓琼相互说：“我们家世代蒙受荣耀宠贵，先君为国家建立了大功，不能不尽忠效节，以继承先君之志。再说不能为君主之难献身者，不是大丈夫。”于是与毛长乐等蒙上兽皮，扬戈奋勇攻击慕容冲军，慕容冲军溃败。慕容冲又派他的尚书令高盖率军夜袭长安，攻陷南门，进入南城。前秦左将军窦冲、前禁将军李辩等击败高盖军，高盖军众被斩首一千八百人，并被前秦军分尸而吃。接着苻坚又在城西打败慕容冲，追击慕容冲的败军到阿房城。前秦众将请求乘胜入城，苻坚担心被慕容冲俘获，就呜锣罢兵。
挖坑防守
同年三月，苻晖屡次被慕容冲击败，苻坚斥责他说：“你是我的儿子，拥有重兵，屡次被白虏小儿摧败，还活着干什么！”苻晖愤懑恼怒而自杀。关中三千余所堡垒，推举平远将军冯翊、赵敖为统领，相互结盟，派兵送粮援助苻坚。前秦左将军苟池、右将军俱石子率骑兵五千，与慕容冲抢麦子，在骊山交战，被慕容冲击败，苟池战死，俱石子逃奔邺城。苻坚大怒，又派领军将军杨定率身边的精锐骑兵二千五百人攻击慕容冲，大败慕容冲，俘获掳掠鲜卑人一万多而回。苻坚发怒，把这些鲜卑人全部活埋。杨定勇猛善战，慕容冲很害怕他，就挖了陷马坑以巩固防地。
进据长安
五月，慕容冲率军登入长安城，苻坚身披钟甲，督战抵御，浑身中箭，血流遍体。后被慕容冲掳掠的三辅人士，都派使者告诉苻坚，请求放火作为内应。苻坚派七百骑兵去接应。可是在慕容冲营中放火的人被风吹的火焰烧死很多，只有十分之一二的人免于死难。而慕容冲在关中残暴肆虐，百姓都流亡失散，道路断绝，方圆千里没有人烟。
苻坚派卫将军杨定在城西攻击慕容冲，被慕容冲擒获。苻坚更加恐惧，把后面的事交付给苻宏，带着中山公苻诜、张夫人率骑兵数百到五将山，遍告州郡，约定初冬救长安。苻宏不久就带着母妻宗室男女几千骑出奔，百官逃散。慕容冲进占长安，纵兵大肆掳掠，死者不计其数。
交战后秦
十月，慕容冲派车骑大将军高盖率军五万进攻后秦，在新平以南交战，大败高盖，高盖率部下数千人来投降了后秦。