徐孚远，明松江府华亭县人，家住南门内新桥河西，为万历首辅徐阶小弟徐陟的曾孙。幼能诗文，才气横溢。与陈子龙、夏允彝交厚，为“几社”创始人之一，并加入“复社”。崇祯十五年（1642）举人。时民变迭起，天下大乱，乃研习兵法，有救国利民之志。曾与陈子龙主编《皇明经世文编》。陈子龙任绍兴推官，孚远引东阳义士许都与子龙相见，使其召募义勇。不久，“东阳激变”之事起，浙东大震，陈子龙随上级前往平定事变，许都渐渐不敌，请求投降，陈子龙认为“受降如受敌”，予以拒绝。之后陈子龙上级认为军粮不足，应该接受对方投降，许都第二次请求投降时，陈子龙答应任谈判者。之后陈子龙上级允诺，只要许都投降，就赦免其死罪，许都大喜，遣散大部分部众，率两百多人投降。但是陈子龙上级浙江巡按左光先背信弃义，坚持要杀许都，陈子龙屡次恳请而无结果，许都和手下六十多人被杀，孚远和何刚以为陈子龙背信弃义，曾以此责备子龙，二人几乎绝交。所幸后来澄清误会。
清顺治二年（1645），清兵下江南，华亭知县举城降于清。孚远与陈子龙、夏允彝等在松江起义抗清。失败后，跳城得脱。入闽，唐王授以福州推官，升兵科给事中。次年，命为行人司使。唐王政权覆灭后，渡海入浙。往来于浙、闽间，联络各地义军，要使他们互相协作，共图大事，但握有实权的将帅不肯听命。
顺治六年（1649），复返浙东，入蛟关，结寨于定海柴楼。正好监国鲁王从长垣至舟山，就到鲁王处。升为左佥都御史。顺治八年，随鲁王逃亡到福建，居厦门。顺治十五年，桂王派使者来，升孚远为左副都御史。冬，奉郑成功命随使者入滇进谒桂王，迷失道路，至安南。安南王遣送他还至厦门。次年，郑成功进攻南京失败后，退据台湾。孚远仍居厦门，往来闽广沿海一带，与多处义军根据地联系。
