由于线虫在胞囊内部，受到胞囊的保护，而且大多数卵要在寄主植物存在时才能孵化，这种特殊的存活能力，使其一旦传入新区并建立起侵染群体，要彻底铲除是十分困难的。要采取综合的措施加以控制。
（1） 检疫 世界各国都将马铃薯胞囊线虫列入检疫对象。在实施产地检疫时，从可疑病田采取湿土样，放入容器内加水搅拌，倒入孔径分别为30、60、100目，直径为10-20cm的3层筛中，用细喷头冲洗，使杂屑碎石留在粗筛内，胞囊留在细筛内，然后，把细筛网上的胞囊用清水冲入白搪瓷盘内，滤去水即得到胞囊。也可把采回的土样摊开晾干纸上，风干后，按照前述方法漂浮分离出胞囊，此外，可直接挖取田间植株根系，在室内浸入水盆中，使土团松软，脱离根部，或用细喷头仔细把土壤漫漫冲洗掉，用扩大镜观察，病根上有大量淡褐色至金黄色的球形雌虫和胞囊着生在细根上。实施口岸检验时要进行隔离种植检查。经特许审批允许进口的少量马铃薯，在指定的隔离圃内种植，在种植期内，可经常观察其症状，经常取土样或根检查。土样经自然风干后作漂浮分离检验。获取的根样，直接在立体显微镜下解剖观察。在形态学特征无法准确鉴定时，可以用特异性的DNA探针，鉴定马铃薯胞囊线虫。检验方法如下：a.抽样。马铃薯块茎在50千克以下的要全部检查；大批量的马铃薯，抽取约20%的样本数进行检查。检查样本确定后，用毛刷刷落并收集附在薯块上的泥土。B.分离胞囊。将收集的泥土风干，用漂浮法分离胞囊，并根据需要记数。如果收集的泥土未经风干，可以直接过筛分离胞囊，方法是将湿泥土放入烧杯，适量加水，搅匀后通过60目和100目筛子，喷淋冲洗后，过滤100目筛中残物，收集胞囊。分离时采用那一种方法，根据设备条件和泥土量确定，一般讲简易漂浮法和过筛法，一次处理的泥土应在100克以下，漂浮器一次可以处理200克左右的土样。C.线虫种类鉴定：制作胞囊阴门锥玻片。最后显微镜下观察孢囊和阴门锥形态特征。观察内容包括孢囊外形、外表色泽、角质膜花纹，测量孢囊长度、宽度和颈部长；阴门锥要观察膜孔类型、有无阴门桥、下桥及肛门到阴门之间的隆起脊纹数，测量阴门膜孔长度、宽度、阴门裂长度和肛阴距离。
（2）轮作 利用线虫的寄主范围比较窄的特点。马铃薯与非茄科作物轮作，造成田间没有寄主，线虫群体量将逐年下降，通常6-7年不种马铃薯，防治效果良好。试验证明，在英国诸岛上，线虫对土壤缺少寄主的侵染程度每年以30%-50%下降，6-7年后，田间线虫造成的损失达到允许水平以下。另外，早熟品种的马铃薯和供制罐头用马铃薯，生育期比较短，能限制线虫群体量增加，可以缩短轮作期。
（3）选用抗病品种 据国外报道，种植抗病品种，每年可减少线虫群体量80%-85%。马铃薯品种Solanum tuberosum ssp. Andigena CPC无性系167.3对马铃薯金线虫具有抗性。后来证实这种抗性是单显性基因，称为H1基因。这种抗性稳定，能阻碍马铃薯金线虫致病型Ro1和Ro4的繁殖，对马铃薯金线虫其他致病型没有抗性。马铃薯的双倍体种（主要是S.vernei）以及三倍体S.tuberosum ssp.andigena;作为培育抗马铃薯金线虫抗病品种的抗原。当合适的抗性品种生长的时候，每年会减少约80%-95%的马铃薯胞囊线虫。抗性品种的意义就在于其除了抑制雌虫发育外还能激发卵的孵化。当线虫密度相当高时，抗性品种也会因幼虫主动侵入根部而受到损失。 （4）化学防治 许多杀线剂土壤处理能防治马铃薯胞囊线虫。熏蒸剂如1，3-
二氯丙烯，D-D混剂；非熏蒸剂如铁灭克、草肟威，克线磷、益舒宝等，都有较好的防治效果。但杀线剂毒性一般较强，对人畜有害，应注意污染问题，同时价格也高，因此，大面积应用时应注意经济效益。
（5）生物防治 一部分调查者认为马铃薯胞囊线虫的生物防治是有其内在潜力的(Roessner,1986)。作为马铃薯及其两种胞囊线虫的公认来源地--安第斯山被认为也有可能是线虫天敌的来源，并且在秘鲁已经发现了一些相关的真菌（Jones and Rodriguez Kabana,1985）。尽管天敌对控制线虫的现实重要性并没有被发现（Rossner,1986），但在将来生防仍然有可能（Whitehead ,1986）。
（6）综合防治马铃薯胞囊线虫的某些特征，尤其是其狭窄的寄主范围以及对寄主抗性的反应，使其特别适合采取综合管理控制措施。在美国，对马铃薯金线虫的控制方案是比较好的，因为其目标是管理控制金线虫的密度到其扩展蔓延不能发生的水平，然而在大部分国家，目标则是将其密度控制在植物受损水平之下。
美国控制金线虫的具体规则如下：a.在管理区阻止马铃薯种块生产；b.在可观察到线虫的地区限制寄主作物的生产；c.在马铃薯生产中阻止可再度利用的容器的使用；d.控制农场机器、表层土壤和植物材料；e.采用土壤熏蒸剂将线虫减少到可察觉水平之下。一旦熏蒸剂使用成功，利用已认可的线虫管理系统包括抗性品种、非寄主作物、杀线虫剂，马铃薯生产就可恢复。这种方法的成功应用与在美国只知存在一种病原马铃薯金线虫有关，如果另一病原发现，这个系统将会不管用，要等获得针对新病原的抗性品种才行。
