1931年，第一位踏足赤鱲角的考古学家路达·史戈菲(Walter Schofield)在该岛发现了一件新石器时代的生活工具——石锛。这次新石器时代的发掘表明本地文化与中国北方包括龙山文化的石器时代文化是有分别的。五十年代，香港大学考古队在大屿山、赤鱲角和南丫岛已发掘出陶器、石制和青铜的捕鱼工具和兵器。1930年代的考古发现被认为与前6世纪至前3世纪战国时代时香港邻近广东地区的文化有关联。1997年6月至11月进行的马湾东湾仔北之考古发现有二十座新石器时代晚期至青铜器时代早期墓葬。在屯门扫管笏和2001年10月至2002年9月期间在西贡沙下之多项考古调查与抢救发掘，出土新石器时代和青铜器时代的遗物与遗迹。

2006年1月，考古学家在西贡黄地峒发现旧石器时代晚期遗址，以及6,000多件文物，经年代测定，显示该遗址在距今35,000至39,000年前便已出现。这个遗址最先于2003年由一名商人首先发现，他在黄地峒海滩检拾了一些石头回家，发现它们有明显人为加工的痕迹，经专家鉴证，证实它们是史前人类的石器，遂于2004年展开考古挖掘。这项发现，使香港的人类活动历史推至30,000多年前。

现时八处石刻已在东龙岛、滘西洲、蒲台岛、黄竹坑、长洲、大屿山的石壁、香港岛的大浪湾和西贡的龙虾湾被发现。这些面向大海的石刻被认为与生活在相当于商朝的香港先民祭祀天气和祈求风平浪静有关。