主要为害芝麻幼嫩或衰老的组织，多在苗期和开花结果期发病。
苗期染病：幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点。
开花结果期染病：从根部开始发病，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。
根部染病：主根、支根变褐，剥开皮层可见布满黑色小菌核，致根部枯死。
茎部染病：多发生在中下部，初呈黄褐色水浸状，后扩展很快绕茎一周，中心有银灰色光泽，其上密生黑色小粒点，表皮下及髓部产生大量小菌核，茎秆中空易折断。病部以上茎秆枯死，蒴果呈黑褐色干枯，病种子上生有小黑点状菌核。