航道治理的方法主要有疏浚、整治、渠化和径流调节，可根据治理目的和航道具体情况分别采用或结合采用。疏浚工程是浚深航道中的浅滩和排除障碍；整治工程是用堤坝调整水流和河床，稳定河势，增加水深；渠化工程是修筑闸坝挡水,将天然河流造成为渠化河流,船舶借助于船闸或升船机过坝；径流调节是利用上游水库在洪水期拦蓄的水，在枯水期排放，以增加下游的水深，这种工程多同水利工程结合起来。
现代航道治理，在一条河流的不同河段，可采取不同的措施。在中上游河段及支流，通常采取多目标渠化工程进行径流调节；在中下游河段及河口一般采用整治工程与疏浚工程相结合的方法。
山区河段由于比降大，水流急,槽窄滩多,流态混乱，以渠化治理最为理想,但也可根据地理水文特点,采用炸礁、清槽疏浚和整治工程。对于石质河床的不良形态,控制水流,炸除水浅的石梁暗礁,修整河床边界，就可降低流速改善流态。沙卵石河床因洪枯季节水量悬殊，洪季冲下的物质在枯季沉积成滩，可用整治工程辅以疏浚工程加以治理。中国在长江上游峡谷河段采用炸礁、清槽疏浚和整治工程相结合的方法治理了多处滩险，使水深从2.0米增至3.0米。
中下游河段处于两岸有开阔台地的冲积平原，比降较小，沙质河床易变，在水流和泥沙运动的长期作用下，平面形态有顺直、弯曲、宽窄不一、分汊汇流、河床纵向起伏不平、深槽与浅滩相间等特征。治理的方法是调整水流和河床，用建筑物堵塞支汊或加强主汊，束狭过宽河槽，集中水流于中水位河床，固定河湾深槽，制定浅滩段低水位河线，规顺其流路以刷深浅滩，缓和或裁直过度弯曲的河段，便利安全航行。整治工程能够稳定河势，是治理平原河段较经济有效的措施。