随着国家行政管理机构的改革和高等教育的改革，国家有关部委所属的普通高等学校大多移交地方人民政府管理，或者由国家有关部委和地方人民政府共同建设、共同管理。而以提高本系统内干部管理水平的“管理干部学院”和以提高本系统内职工素质的“职工大学”，有一些则好像是失去主人的皮球，被扔来扔去，甚至处于无人问津的境地。
由于国家行政管理机构的改革引起的管理系统的变化，以及社会主义市场经济的发展提出的新的要求，原来意义上的“管理干部学院”和“职工大学”已经远远不能适应。更重要的是“管理干部学院”和“职工大学”初建时所面临的干部的管理水平和职工的素质需要提高的任务已经基本完成。随着普通高等学校对社会继续教育任务的承担，以及管理人员的管理水平和职工的素质提高的新的更高的要求，管理人员提高管理水平和职工提高素质的途径，不再局限于“管理干部学院”和“职工大学”。
鉴于以上原因，“管理干部学院”和“职工大学”面临着诸多困难和问题。一是投入欠缺；二是任务不足；三是经济困难；四是前途不明，等等。“管理干部学院”和“职工大学”面临的这些困难和问题，只有实现转变才能得以解决。