菖蒲及下述各种菖蒲的根茎均入药。市上商品菖蒲和各中医所用菖蒲种类均不统一。李时珍认为菖蒲正品应为“生于水石之间,叶具剑脊,瘦根节密,高尺余者,石菖蒲也”。这里指的就是本种菖蒲。但现今大部分地区多用石菖蒲 A.tatarinowii 或栽培的金钱蒲 A. gramineus,可见种类虽不同,疗效无大异。菖蒲味辛,苦,性温,能开窍化痰,辟秽杀虫。主治痰涎壅闭、神识不清、慢性气管炎;痢疾、肠炎、腹胀腹痛、食欲不振、风寒湿痹,外用敷疮疥。兽医用全草治牛臌胀病、肚胀病、百叶胃病、胀胆病、发疯狂、泻血痢、炭疽病、伤寒等。