蛋白质经过碱处理，会发生许多变化，在碱度不高的情况下能改善溶解度和口味，有的还能破坏毒性，如菜子饼粕和棉子饼粕用碱处理可以去除芥子苷和棉酚。轻度碱变性不一定造成蛋白质品质劣化，但长时间，较强碱性加热时，更多的是产生不利影响。如会形成新的氨基酸，易发生变化的氨基酸是胱氨酸、丝氨酸、赖氨酸、精氨酸。
碱处理在工业生产中有重要的用途，例如毛皮加工过程中碱处理使毛皮膨化鳞片，利于铁盐吸收，并脱去表面油脂，利于化工材料向纤维内的渗透作用，同时改变色素的表面电荷，增加铁盐的吸收量。