可以认为，电子商务经济学研究的范围将随着电子商务实践活动的展开和深入而发生变化，这种变化将会继续持续下去。因此，现在来总结和概括电子商务经济学研究的基本问题存在着一定的风险。但是，基于我们对国内外电子商务经济学研究进展及其主要成果的认识，认为电子商务经济学研究大体由三类基本问题构成：
一是将电子商务作为一个市场和一种数字服务产品而展开的研究，包括电子商务市场的形成、电子商务市场规模的测度与分析（如数字商品市场的测度与分析等）、市场构成，以及市场的演化和发展等内容，也包括电子商务对企业和消费者的福利影响等内容的研究；
二是着重研究在线市场如何影响离线市场的竞争和发展，或者研究离线市场的竞争如何影响在线市场的结构，包括在线市场价格离散和灵敏度等内容的分析、数字产品定价与价格歧视、中介作用、垄断与竞争分析、知识产权管理、企业盈利模式与商业模型等。此外，还包括电子商务如何创造市场价值，特别是离线市场价值与在线市场价值之间如何相互转移等问题的研究。电子商务的价值创造和价值转移问题构成电子商务经济学研究的基本问题，甚至可以说这个问题始终贯穿于电子商务经济学研究和发展的全过程；
网络外部性是电子商务经济学的一个基本概念。网络外部性既是电子商务经济学研究的基本问题，也是电子商务经济学研究的基本假设条件之一。在我们对电子商务经济学的研究中，更多地将网络外部性看作是一种隐含的假设条件。网络经济学则将网络外部性作为一个基本问题来研究。