深海生态系统分为深海海盆生态系统、深海热泉生态系统、冷泉生态系统、海山生态系统和海沟生态系统5个类型。其中深海海盆地形，水深较大。这里生物的食物来自海洋上层一些生物的尸体和粪便，当食物到达海盆中时数量已经非常少了，因此这里的生物量极低，被誉为海洋中的“沙漠”。而生物量最大的是深海热泉生态系统，被誉为海洋中的“绿洲”。海底热泉和化能合成生态系统的发现是20世纪生命科学和地球科学领域的重大发现之一。通常在热液口，群落生物量和密度都很高，每年每平方米是20公斤~30公斤，通常是其它深海环境的500倍~1000倍。