淡水生物学家通常把内陆水域分为两大类： 1、流动水域：小川、小溪、河流等。

2、静止水域：湖泊、池塘和沼泽等。研究内容包含了水的硷度、混浊度、面积、深度及透光度，水域底层的性质，族群的数量和水中的植物、动物等。另有经济问题的研究，例如可食性鱼类的湖泊产量等。此外还研究某区域内鱼类的食物、繁殖机会、微生物含量、捕食者存在以及其他生态方面等等因子。

淡水生物群落包括湖泊、池塘、河流等群落，通常是互相隔离的，淡水群落一般分为流水和静水群落两大类。流水群落又可分为急流和缓流两类。急流群落中水的含氧量高，水底没有污泥，栖息在那里的生物多附着在岩石表面或隐藏于石下，以防止被水冲走。通常有根植物难以生长，但有些鱼类（如大马哈鱼）能逆流而上，在此产卵，以保证充分的溶氧供鱼苗发育。缓流群落的水底多污泥，底层易缺氧，水生动物很多，底栖种类则多埋于底质之中。虽然有浮游植物和有根植物，但它们所制造的有机物大多被水流带走，或沉积在河流周围。

静水群落分为若干带（如右图）。沿岸带（littoralzone），阳光能穿透到底，常有有根植物生长，包括沉水植物、浮水植物、挺水植物等亚带，并逐渐过渡为陆生群落。离岸到远处的水体可分为上面的湖沼带（limneticzone）和下层的深底带（profundalzone）。湖沼带有阳光透入，能有效地进行光合作用，有丰富的浮游植物，主要是硅藻、绿藻和蓝藻。深底带由于没有光线，自养生物不能生存，消费者生物的食物依赖于沿岸带和湖沼带下沉的食物颗粒。因此湖泊的初级生产依靠于沿岸带的有根植物和湖沼带的浮游植物。温带的湖泊分为富养的和贫养的两类。富养湖一般水浅，贫养湖则深。大陆中的水体还有一些特殊的群落类型，如温泉，盐湖等。

淡水生态系统可以分为流水生态系统和静水生态系统,前者包括江河、溪流和水渠等后者包括湖泊、池塘和水库等。下面主要以河流生态系统为例,介绍流水生态系统的特点。

在一般情况下,在河流的上游,水的流速较快,下游流速较慢。急流中的生产者大多是由藻类构成的附石植物群,消费者大多是具有特殊器官的昆虫和体型较小的鱼类。缓流与急流相比,含氧量较少,但是营养物质要丰富得多,因此,缓流中的动植物种类也较多。缓流中的生产者主要是浮游植物及岸边的高等植物,此外,从陆地上随雨水等进入河中的叶片碎屑等,也是水生生物的重要营养来源。缓流中的消费者有穴居昆虫和各种鱼类,此外,虾、蟹、贝类等动物也较多。