本种的原变种产日本,后者的主要特点在于:根不扩大呈块状,下部叶只有两对小叶,且下面一对小叶很小,上部叶为三出叶。
本种形态近似龙芽草A. pilosa Ldb.,但本种的主要特点在于:花较小,直径4-5毫米;果实较小,连钩刺长4-5毫米,最宽处2-2.5毫米,且钩刺在成熟果实上开展而不向内靠合;小叶稜状椭圆形,最宽处在中部,小叶下面脉上横生稀疏长硬毛,两者易于识别。
据北川政史(M. Kitagawa)意见,日本龙芽草 A. nipponica Koidz. 应列为龙芽草之变种 A. pilosa Ldb. var. nipponica (Koidz.) Kitamura,不应独立成种,其异点为植株细弱,小叶片3-5,先端圆钝,花朵较小。大井次三郎(J. Ohwi)从之,见 Fl. Japan, 539. 1965. 因此,小花龙芽草的命名问题,有待今后研究解决。