目前，在中国实施的合作领域包括环境保护、节能、防治传染病、支援改革开放、加强政府治理能力、增进相互理解等多方面，合作方式分为以下几种。
技术合作项目
以培养人才、普及技术等为目的，与中方机关共同设立技术合作项目，在一定期限内，通过派遣日方专家、接收中方对口人员赴日进修、提供器材等三种合作形式进行的综合性技术合作。技术合作项目主要在社会开发、环境保护、法制建设及医疗保健等领域进行。按照双方事前达成共识的合作计划(原则上制作Project Design Matrix)综合连贯地进行实施运营。同时，规定期限内预期取得的成果与为实现该成果开展的活动、进行的投入之间的因果关系必须清楚、符合逻辑。
技术合作单项项目
针对个别申请，将“派遣专家”、“接收进修人员”、“提供器材”独立实施的合作方式称为技术合作单项项目。符合该方式的有：“派遣专家”中的政策建议型专家、技术合作协调专家；“接收进修人员”中的高级进修人员；“提供器材”中的与国际组织合作提供医疗特别器材等。
1. 接收进修人员
(1)集体进修
以进修人员的形式接收中国国家建设骨干如技术人员、行政官员等赴日或第三国，在官方的实验·研究机关、大学等地实施进修。以发展中国家共同面临的开发课题为主题设定进修大纲，从各国招收有关人员参加进修，这种面向多个国家多人的进修方式称为集体进修。2005年度开设了约373个课程，进修时间按照课题安排从1周到几个月不等。这些进修人员回国后，将为促进其进修领域的技术转让发挥重要作用。
(2)长期进修
培养将来从事政策拟定方面的人才为重点，接收其赴日留学，使其在日本的大学等取得硕士或博士学位，这种方式称为长期进修。通过这种形式的合作，可望掌握综合知识与技术，使之准确应用于中国。实施领域包括完善法律制度、支持市场经济发展等政策制度领域，以及全球气候变暖、保护自然环境和防治艾滋病等其他领域。
2. 派遣专家
应中国政府的邀请，派遣日本个别专家到中国的官方机构、学校、实验所和研究机关，与中方技术人员共同从事调查、研究、技术指导和普及活动并开办研讨会等。
3. 提供器材
在与国际组织合作等特定条件下,为了支援日本派遣专家、志愿者及在日本完成进修后回国的中国技术人员的工作而提供各种器材。
开发调查
派遣调查团，协助对象国家制定对其社会经济发展具有重要作用的公共开发计划以及综合治理大气、水、废弃物污染等环保计划，这种方式称为开发调查。其中公共开发主要包括环保、能源、城市规划等基础设施开发及生态资源保护、水资源开发等。近期，在帮助金融领域改革、振兴中小企业、完善公共服务政策等方面也实施了以完善政策制度为目的的开发调查。
青年进修
为开展堪称友好奠基石的青年交流，邀请合作对象国的青年访问日本，停留约三周时间，参加有关领域进修课程,与日本的一般民众特别是青年进行友好交流，并到日本各地参观访问的方式称为青年进修。每年邀请约200名中国青年，分别作为“中日青年友谊计划”、“中国基层工作者邀请计划”、“中国中小学青年教师邀请计划”的代表访问日本。
后续合作
在JICA项目合作期结束后，对象国家将独立进行项目的维持、管理及运营。但是如果发生提供的器材出现故障、运营经费不足等突发问题使项目运营受到影响时，在对象国家自主努力的基础上，根据需要实施追加合作，这种方式称为后续合作。
志愿者事业
(1) 派遣青年海外协力队
应对象国家的邀请，派遣拥有技术并富有热情的20至39岁的青年到该国工作，这种方式称为派遣青年海外协力队，原则上派遣期为2年。协力队员把与当地居民共同生活、共同劳动，为所在国的社会经济发展提供帮助，加深与所在国之间的友好感情与相互理解作为基本理念。在中国，将重视与当地居民交流的协力队活动亲切地称为“三同主义”，即“同生活”、“同工作”、“同思考”。
(2)派遣年长志愿者
应发展中国家的邀请，派遣能够为发展中国家及地区的社会经济发展作贡献的、拥有技术和知识、并富有经验和热情的40至69岁的人才到该国工作，这种方式称为派遣年长志愿者，派遣期通常为1年或2年。中国自2002年开始引进了该合作方式。
(3) 派遣短期志愿者
短期派遣上述(1)(2)类志愿者的方式称为派遣短期志愿者，派遣期一般为１个月到1年以内。 为了制定接收长期志愿者的活动计划，首先派遣有志愿者活动经验的人作为短期志愿者；或者也可以为了对派遣中的志愿者提供技术支持而进行点对点的派遣。
基层友好技术合作
基层友好技术合作是指JICA联合日本的NGO、大学、地方自治体(日本的地方自治体相当于中国的地方政府)、公益团体等共同实施的，有益于发展中国家及地区社会经济发展的合作。该合作的目的为：充分利用日本国内各界的知识、见解及日本各地在发展中积累的各种经验、技术，以满足对象国家的多样化需求。
无偿资金合作的调查与促进实施业务
无偿资金合作是向发展中国家政府提供不具偿还义务的资金合作。JICA负责无偿资金合作中“一般无偿”等的事前调查工作及为保证无偿资金合作顺利进行的促进实施业务。
灾害紧急援助
发生洪水、地震、海啸等大规模灾害时，应受灾国或国际组织的请求，派遣救援及重建活动所需的人员(抢救队、医生、护士等)以及提供物资，实施综合性灾害紧急援助，该方式称为灾害紧急援助。
与JICA合作的中国窗口机关
JICA项目是日本政府接受中国政府的申请，并作出实施决定后开始进行的。合作对象及合作内容是通过与中国政府的协议后决定的。中国政府的窗口机关有国家科学技术部国际合作司(除了上述(四)(八)(九)之外)、商务部国际经贸关系司(无偿资金援助)、中国外交部亚洲司、中华全国青年联合会国际部 (青年进修)、民政部(国际紧急援助队)等。
