四年七月，绍瑾让席予法嗣峨山绍硕，绍硕扩张寺规，奠定本寺基础，举扬宗风，兴盛一时，而与越前之永平寺并列。二寺遂互争本山之地位，至元和元年（1616），乃定总持寺为能本山，永平寺为越本山，并称两大本山。
安永元年（1772）十一月，值开祖绍瑾四百五十年远忌，敕赐‘弘德圆明国师’之谥号，此为洞门有国师号之始。
明治三年（1870）废旧有之轮住制，新立独住制，以栴崖奕堂为独住第一世。五年，与永平寺结盟约，共称大本山。十二年，再与永平寺结盟约。三十一年，罹回禄之灾，诸堂悉成灰烬。四十年，第四世牧牛素童将寺基移转今地，翌年始兴工事。大正十二年（1923）关东大震灾，诸堂几皆倒溃，后再逐渐修造。
今有敕使门、传道馆、大僧堂、东部役寮室、三宝殿、钟鼓楼、茶处、宝物馆、仓库、西部役寮室、东司、一文字廊下、观音大铜像等，境内又有羯鼓林、三松关、千光城、吹上墀等十境，为关东一大巨刹。
本寺并经营三松学林（山内）、光华女学校、鹤见高等女学校等，作育英才。又开设鹤见社会馆、鹤见公益质屋等社会事业、另于能登之旧地，置别院与三个支院。
1975年，中国唐代禅师石头希迁之肉身为日本佛教界所发现，今即供奉于鹤见之本寺。此外寺宝尚有纸本着色提婆达多像、刺绣大法被等。