脑颅：有四壁和腹壁，背壁不完全，背壁上有一大孔，称囟门。硬骨鱼类除软骨原骨形成的原颅外，脑颅顶部骨甲演化而成膜颅骨。
　　咽颅；由颌弓、舌弓、咽弓组成
　　颌的起源和咽弓：软骨鱼纲及其之后的高级鱼类咽部的骨骼为左右2列成对的咽弓（弓状咽骨骼）或鳃弓。每个鳃弓有2根主要骨骼，即上鳃骨和角鳃骨，此2骨骼之间的关节向后，而上下端向前，形成“〉”状。上鳃骨的上端还分出一咽鳃骨，角鳃骨的下端分出一下鳃骨和基鳃骨。左右两基鳃骨常在腹端愈合，前后几个基鳃骨又常在腹中线连接。鳃弓位于每两咽裂之间。向外伸出一些骨条名鳃条，以支持鳃片；向内（咽腔）伸出一些骨条名鳃耙，以截留食物。据推断，在动物进化中，最原始的无颌阶段有8对咽裂和9对咽弓。有颌类中变为颌的咽弓是由前至后的第3对，这对咽弓称颌弓。后一对名舌弓。之后是支持第1～5对鳃片的骨骼。颌弓之前还有2对颌前弓。颌前弓及其间的咽裂均退化。
　　软骨鱼咽颅的特点：①颌弓：软骨鱼纲的颌有2对软骨，上一对形成上颌，名腭方软骨，下一对组成下颌，名梅氏软骨（初生颌）。②舌弓：上鳃骨变为连接颌与脑颅的舌颌软骨，角舌骨和基舌骨均存在，舌由基舌骨支持。③正常咽弓：共5对。
　　硬骨鱼咽颅：颌弓一对（次生颌）、舌弓一对、咽弓五对，前四对咽弓上有鳃，第五对咽弓上无鳃，特化为咽喉齿。