咽部神经支配极为丰富，感觉和运动神经主要来自咽后壁的咽丛，含有迷走、舌咽、副神经和预交感神经的分支，此外尚有三叉神经第二支、舌咽神经等直接分布于咽部，故咽部感觉极为灵敏。全身许多器官的疾病，也可通过神经的反向和传导作用，使咽部发生异常感觉。故咽异感症产生的机理较为复杂，致病因素繁多，有些因素容易被发现，如细菌、寄生虫等生物因素，冷热、电流、气压等物理因素和机械损伤及化学因素等。此外，精神因素也可引起本病，如情绪波动及长期过度紧张、疲劳等所引起的神经官能症，有时器质性疾病与精神因素同时存在，构成复杂的病因，可分为局部、全身和精神体质三个方面。
1.局部因素
（1）咽部疾病 如各型咽炎、慢性扁桃体炎，扁桃体的结石、息肉、角化、囊肿、瘢痕及脓肿，舌扁桃体炎，悬雍垂过长，鼻咽、口咽及喉咽的异物、瘢痕、肿瘤，舌根部静脉曲张、囊肿、肿瘤、茎突综合征，咽部憩室等。与职业有关的咽炎如粉尘性、化学性咽炎，也是咽异感症的病因。
（2）邻近器官的疾病 鼻部及鼻咽部疾病如鼻窦炎、鼻咽炎。喉部疾病如喉上神经炎、风湿性环杓关节炎、会厌囊肿、会厌形态异常、喉软骨膜炎、血管神经性喉水肿、环咽肌及咽下缩肌痉挛等。食管疾病如食管痉挛、憩室、失弛缓症、早期恶性肿瘤、外伤性食道炎、反流性食道炎、贲门痉挛、横膈裂孔疝等。颈部疾病如颈部肿块、瘘管、淋巴结炎、甲舌囊肿、甲状腺炎症、肿瘤及其他如牙病、耳病、颈症候群、舌咽神经痛、颈动脉炎等，均可引起本病。
2.全身因素
（1）远离器官的病症 如胃及十二指肠炎或溃疡、胃癌、幽门痉挛、胆石症、左心扩大、高血压性心脏病、心包炎伴积液、主动脉瘤、屈光不正等。
（2）全身疾病 以代谢、内分泌疾病多见，如维生素缺乏症，缺铁性贫血，甲状腺疾病如甲状腺机能亢进或减退，绝经期综合征，重症肌无力，颈椎骨关节炎，关节僵直及肠寄生虫等病。
3.精神因素
精神和情绪的变化，对于咽异感的发生和发展有着明显的影响，如神经衰弱、神经官能症、精神分裂症、恐癌症、癔病及焦虑、抑制状态等。
医务工作者对患者的异常感觉解释不当或不仔细，未消除患者的疑虑或做过多的检查、治疗，引起患者的疑虑也可导致本意。