秦汉时为雁门郡之微外地；明为蒙古族察汗部。
清为正红旗、正黄旗的北部。
民国年间归绥远省。
1949年并入绥东四旗中心旗。
1954年将正红旗、正黄旗、陶林县、集宁县各析一部分置后旗。
1955年2月，将锡林郭勒盟苏尼特右旗新民区划归后旗，1956年1月，又将新民区和土牧尔台区东方乡的苏合少、刘家沟两村划归苏尼特右旗。1957年11月，将集宁县大西沟、大六号、贲红、高茂、曹不汗、高玉梁、黄羊城划归后旗。1958年6月，将四子王旗所属海青花、三井泉、大西村、土城、明乐划归后旗。
1958年3月，撤区划乡，将32个乡镇划为22个乡镇，同年10月把22个乡镇划为6个人民公社、1个镇公社。1962年5月，将6个人民公社调整为19个人民公社。
1967年，改称后旗革命委员会。1971年，旗人民政府从土牧尔台迁往白音察干。1981年6月，后旗革命委员会改称察哈尔右翼后旗人民政府。
1984年4月，人民公社改为乡镇（苏木）人民政府，时辖21个乡（苏木）镇、180个行政村、639个自然村。
1997年，后旗辖20个乡（苏木）镇、179个行政村、648个自然村，总面积3 910平方千米。
2000年，后旗辖2个镇、3个苏木、15个乡：白音察干镇、土牧尔台镇、乌兰哈达苏木、当郎忽洞苏木、哈彦忽洞苏木、八号地乡、三井泉乡、大六号乡、石门口乡、石窑沟乡、白音察干乡、吉棍塔拉乡、红格尔图乡、阿贵图乡、贲红乡、虾江河乡、胜利乡、韩勿拉乡、锡勒乡、察汗淖乡。
2003年，后旗辖5个镇、4个乡、5个苏木：土牧尔台镇、红格尔图镇、白音察干镇、贲红镇、大六号镇、八号地乡、阿贵图乡、石夭沟乡、石门口乡、当郎忽洞苏木、韩勿拉苏木、锡勒苏木、乌兰哈达苏木、哈彦忽洞苏木。
2006年，辖7个苏木、乡、镇，85个嘎查、行政村。2006年撤销韩勿拉苏木，将韩勿拉苏木的4个村（察汗淖、后洼、宿黑蟆、格少）并入当郎忽洞苏木；撤销哈彦忽洞苏木，将哈彦忽洞苏木的顶木其沟嘎查和韩勿拉苏木的4个嘎查村（巴音高勒、亢家村、后房、石灰图）并入乌兰哈达苏木；撤销锡勒苏木、石窑沟乡，将锡勒苏木原管辖地行政区域整建制和韩勿拉苏木的哈拉沟嘎查和石窑沟乡的5个嘎查、村（红格尔图、苏计不浪、石窑沟、赵家房、石层坝）合并设立锡勒乡。将哈彦忽洞苏木的哈彦忽洞4个嘎查村（牧业、大井子、西泉子、建设）、贡红镇的5个村（芦家村、大九号、建和、红胜、红丰）、石窑沟乡的2个村（大丹岱、霞江河）并入白音察干镇；撤销八号地乡、阿贵图乡，将八号地乡原管辖的行政区域整建制和阿贵图乡的长胜湾村并入土牧尔台镇。将阿贵图乡的4个村（王丙、向阳、生产、喇嘛圐圙）并入红格尔图镇；撤销大六号镇、石门口乡，并入贲红镇（划入白音察干镇的5个村除外）。
2012年，恢复大六号镇。调整后，后旗辖5个镇、2个苏木、1个乡：白音察干镇、土牧尔台镇、红格尔图镇、贲红镇、大六号镇、当郎忽洞苏木、乌兰哈达苏木、锡勒乡。
