宇航员局局长迪克·斯雷顿在整个计划中负责双子座飞船乘员的挑选工作。双子座飞船设有主宇航员和后备宇航员,后备人员在三次飞行后转正。斯雷顿执意让水星计划7人中现役的4人(谢泼德,格里森,库勃和施艾拉,格伦于1964年1月退役,卡彭特因极光7号再入大气层时的失误操作而备受NASA指责,当时请假参加海军的SEALAB计划,并且留地待命直到1964年7月,斯雷顿自己也因为心脏原因继续留地待命)作为双子座计划各次飞行的指挥官。
1963年下半年,斯雷顿挑选了谢泼得和斯塔福德参加双子座3号任务,麦克迪维特和怀特参加双子座4号任务,施艾拉和杨参加双子座5号任务,此次任务要和阿金纳目标飞行器对接。3号的后备宇航员是格里森和波尔曼,他们也将参加双子座6号任务。康拉德和洛威尔成为4号的后备宇航员。
由于阿金纳目标飞行器的制造延期,施艾拉和杨的任务被推到双子座6号,而他们也成为谢泼得组的后备。格里森组的长时间飞行任务成为双子座5号。
第二次人员重排是因为谢泼得得了美尼尔氏症,这是一种内耳疾病。格里森替代谢泼得成为双子座3号的指挥官。斯雷顿认为杨的性格和格里森很配,也让他代替斯塔福德执行3号任务。最后,斯雷顿让库勃做5号的指挥官,同样出于性格原因,他将康拉德从4号后备宇航员提到5号任务,并指派阿母斯特朗和埃里奥特·希为5号后备。
第三次人员调整是斯雷顿发现希的身体素质标准,他让希担任9号的指挥官,让查尔斯·巴塞特做9号的乘员。安排斯科特做8号的乘员。
第四次调整是因为希和巴塞特因乘坐的训练机坠机而身亡。这架飞机刚好撞进了麦克唐纳生产双子座9号的厂房。后备宇航员斯塔福德和康拉德成为重设计的双子座9A的主宇航员。洛威尔和奥尔德林成为9A的后备。
虽然格里森, 怀特, 和罗杰·查菲在阿波罗1号的火灾中死去,斯雷顿的最终宇航员名单已经包含后来的首批7位阿波罗宇航员。有趣的是,这批参加阿波罗计划的宇航员中许多人所驾驶的飞船编号刚好比它们的双子座飞船编号大一号:
施艾拉:双子座6号->阿波罗7号
波尔曼和洛威尔: 双子座7号->阿波罗8号
斯科特:双子座8号->阿波罗9号
斯塔福德和塞尔南: 双子座9A号->阿波罗10号
柯林斯:双子座10号->阿波罗11号
康拉德和戈登: 双子座11号->阿波罗12号
洛威尔:双子座12号->阿波罗13号
而这些人例外:
麦克迪维特:双子座4号->阿波罗9号
杨:双子座3号、10号->阿波罗10号
阿母斯特朗:双子座8号->阿波罗11号