当客机以巡航高度飞越埃及北部时，突然遭遇特大沙暴。由于能见度低，机组员只能以当时属顶尖科技的无线电与塔台对话以维持航线不偏离。约下午1时44分，机长发现他们最终仍偏离航道，因为机上的罗盘发生故障。他们此时不但找不到任何导航灯，亦不知自己身处何方。他亦没有向埃及塔台报告他们的处境，反而在收到埃及航空交通管制许可后，开始下降高度。但由于顺风增加，飞机严重地往东部偏离航道，飞越了苏伊士运河，抵达了于六日战争中成为了以色列领土的西奈半岛上空。
当时中东地区局势非常紧张，以色列及以埃及为首的阿拉伯国家在六日战争后虽签署停战协议，但依然正酝酿着随时开战。当114号班机于1时54分飞抵西奈半岛上空20,000呎时，以色列空军立即于两分钟后派出两架F-4战机升空调查及作出拦截。战机机师以目视留意著客机及机员，并以手势指示客机要跟从他们降落，之后又以摇动机翼方式要客机遵从战机指示，发现无效后又发射导弹警告客机。可是客机不但仍然没遵从战机指示，反而企图调头返回开罗。此举被以色列战机视为想逃跑，于是发射了一支追踪导弹，命中了客机机翼。
客机中弹后，并未立即解体，但中弹后的114号班机即时着火，导弹碎片严重损坏了客机控制面及液压系统，以及机翼结构。飞机高度亦立即急降，机长立即于沙漠上以机腹作紧急着陆，但飞机于着陆过程中发生爆炸，机上的113人中，108人死亡。