1960年冬在中国科学院兰州地质所成立了渗流力学研究室，刘慈群先生与郭尚平、李永善、黄延章等同志一起承担并完成了石油工业部的多项科研任务，尤其是他参加了大庆油田开发工作组，完成了萨尔图中区开发研究设计中的渗流研究和计算任务。由于一些原因，1967年中国科学院力学研究所渗流研究组解散，为了能够继续从事渗流力学研究，刘慈群先生先后工作于国家地震局兰州地震大队、中国科学院兰州冰川冻土研究所等，直至20世纪80年代初中国科学院兰州渗流力学研究室重建。1987年中国科学院渗流流体力学研究所成立并迁至河北省廊坊市，自此刘慈群先生一直在渗流力学研究所工作，1992年退休。