下巴伐利亚行政区下设3个直辖市:
兰茨胡特市(Landshut)
帕绍市(Passau)
施特劳宾市(Straubing)
下巴伐利亚行政区下设9个县:
代根多夫县(Landkreis Deggendorf),首府代根多夫(Deggendorf)
丁戈尔芬-兰道县(Landkreis Dingolfing-Landau),首府丁戈尔芬(Dingolfing)
弗赖永-格拉费瑙县(Landkreis Freyung-Grafenau),首府弗赖永(Freyung)
凯尔海姆县(Landkreis Kelheim),首府凯尔海姆(Kelheim)
兰茨胡特县(Landkreis Landshut),首府兰茨胡特(Landshut)
帕绍县(Landkreis Passau),首府帕绍(Passau)
雷根县(Landkreis Regen),首府雷根(Regen)
罗塔尔-因县(Landkreis Rottal-Inn),首府普法尔基欣(Pfarrkirchen)
施特劳宾-博根县(Landkreis Straubing-Bogen),首府施特劳宾(Straubing)