本病受累器官常见的有消化系统、关节,病程发展还可累及心脏、肺、大脑以及眼等。肠道症状有腹痛、腹泻以及由此而出现的体重下降、营养不良、贫血；关节症状有关节痛,通常为游走性,可累及大多数关节,但以对称性踝、膝、肩和腕关节最常见；心脏受累可出现心内膜炎或全心炎,还可出现心脏杂音,偶有胸膜和心包摩擦音等。神经系统的临床表现较为复杂多样,如痴呆、眼球运动障碍、不随意运动、下丘脑功能障碍、脊髓病、共济失调以及精神症状等。
1.痴呆-核上性眼肌麻痹-肌阵挛三联征
2.小脑损害
产生小脑性共济失调、意向性震颤、眼震及构音障碍等小脑综合征。
3.眼-咀嚼肌节律性运动（OMM）
OMM是Whipple病CNS受累的特征性体征,表现为不间断不自主节律性眼球会聚样运动,频率约为1次/秒,伴舌和咀嚼肌的刺激性收缩。
4.下丘脑垂体损害
产生多尿、烦渴、易饥饿、性欲减退及失眠等症状。
5.中风综合征
Whipple病表现为中风综合征的患者如能早期诊断和抗生素正规治疗,可能呈现良性的病程,不至于造成后遗症。
6.眼征
7.脊髓病
表现为脊髓半切综合征或横贯性损害,神经系统Whipple病所致的脊髓病比较罕见。
8.其他