在研究RNA干扰机制的过程中，Bernstein等从已经发生RNA干扰的果蝇S2细胞中纯化了一种核酸酶Dicer，从中分离出21~23个碱基对的dsRNA片段。说明该核酸酶具有序列特异性，它能降解与dsRNA具有同源序列的mRNA。研究表明Dicer是来自果蝇RNA干扰必须的RNaseIII型蛋白，含有一个解旋酶、结构域、富含谷氨酸区、一个PAZ结构域、PiWi区、RNaseIII和dsRNA结合区。Dicer在催化过程中以二聚体的形式出现，其催化结构域在dsRNA上反平行排列，形成4个活性位点，但只有两侧的2个位点有内切核酸酶活性。

Dicer的作用机制Bernstein认为分二步:

第一步：Dicer结合到dsRNA，dsRNA被加工成许多短片段，每个片段约22nt。

第二步：22nt的siRNA通过PAZ与含有PAZ的Argonaute蛋白结合，而RNase与后者形成多个亚单元的复合物，这样使得22ntsiRNA特异性的决定靶基因的降解反应。这个22ntsiRNA被称为引导RNA，它可以将多单元复合物引到靶基因mRNA处。因为有引导siRNA在起作用，所以只要有少量的dsRNA就可以引发大量的切割mRNA反应。