植鞭亚纲
植鞭亚纲Phytomastigina
鞭毛虫
都具有色素体，可行光合作用即进行植物性营养。淀粉及副淀粉是其主要的食物贮存物，有无性生殖和有性生殖，虫体通常具有2根鞭毛，体表为皮膜或纤维素细胞壁，自由生活。(如盘藻，扁眼虫，夜光虫，角鞭毛虫）
鞭毛虫
动鞭亚纲
动鞭亚纲Zoomastigina
没有色素体，行动物性营养或腐生性营养，糖元是其食物贮存物，不行有性生殖，有一到数根鞭毛，虫体表面只有细胞膜，除少数种类自由生活外，多数种类在多细胞动物体内营共生或寄生生活。（如管领鞭毛虫，原滴虫性，利什曼虫型，锥虫，披发虫）
鞭毛虫生活在白蚁体内
白蚁喜欢吃各种木头，但它自己没有消化木质纤维的酶，吃进去的木屑无法消化，生活在它肠内的鞭毛虫能产生分解木质纤维的酶，将木质纤维分解，供白蚁当作养料吸收，同时鞭毛虫也从中得到养料。如果把这两种生物分离，二者都不能独立生存。