隐孢子虫是一种专性细胞内生长的寄生原虫，属孢子虫纲，球虫亚纲，真球虫目，艾美球虫亚目，隐孢子虫科，隐孢子虫属。虫体呈球形，直径为2～4μm，其生活史与孢子虫纲的其他原虫相似，包括无性的裂殖生殖、有性生殖及孢子生殖，三者均在同一宿主体内进行。其卵囊呈卵圆形，直径为2～6μm，卵囊壁光滑，成熟的卵囊内有4个新月形子孢子。当其被人或动物吞食后在小肠内脱囊，子孢子从卵囊壁的裂隙中逸出，附着于小肠上皮细胞的微绒毛刷沿，并被封入纳虫空泡内发育为滋养体进行裂殖生殖，先发育为含8个小核的滋养体，然后进一步发育为有8个裂殖子的Ⅰ型裂殖体。裂殖体成熟破裂后，裂殖子再次侵入其他小肠上皮细胞，继续进行Ⅰ型裂殖生殖或者发育为仅含4个裂殖子的Ⅱ型裂殖体。由成熟的Ⅱ型裂殖体释放出的裂殖子则分别发育分化成雌（大）、雄（小）配子体，然后分别产生出雌、雄性配子，最后雌雄性配子结合为合子并发育成卵囊。
卵囊有薄壁与厚壁两种，前者约占20%，对外界环境的抵抗力较弱，其子孢子逸出后直接侵入新的宿主细胞继续进行裂殖生殖，造成宿主体内的重复感染。厚壁卵囊在宿主体内孢子化，囊壁为双层，对外界环境抵抗力强，经粪便排出体外即具有感染性。10%甲醛溶液或5%氨水可使之灭活，经65℃ 30分钟，也可使卵囊的感染力丧失。
目前认为已发现的隐孢子虫至少有6种，人和哺乳动物的隐孢子虫感染几乎都是由微小隐孢子虫所引起。