邵懿辰在经学史上的重要性，在于在《礼经通论》这本经学著作中，认为当时所存的《仪礼》是完整的，不认为有《逸礼》三十九篇，这种认为秦焚书而经不曾亡的看法，促使了清代考据学想要以文献考订恢复古籍的工作失去意义。由于留下来的经是完整的著作，因此并非仅是文件集，而必须视为一整套哲学。此外，由于这种看法，他认为西汉刘歆后来提出的古文经完全是他所作的伪书，这种在经学上具颠覆性的主张，影响到下一代的晚清学者如廖平及康有为怀疑经书权威性的激烈想法。

笃志于学，专治义理、目录学。文宗桐城派，常与梅曾亮、朱琦一起谈论诗文。与曾国藩结为知交。咸丰十年（1860）太平军攻杭州以解天京（今南京）之围，他与巡抚王有令固守城中，被农民起义军杀死。居京师时，购书极多，藏书处有“半岩庐”，案头置《四库全书简明目录》1部，遇所见宋元旧本、抄本，手记于各书名之下，已备校勘。编著有《四库简明目录标注》20卷，是研究版本目录学参考书。补充了《简目》所未收书及不同版本。附录有“善本书跋及其他”、“四库未收传本书目”、“东国（日本、朝鲜）书目”。另有《位西所见书目》20卷。著《尚书通义》、《孝经通义》、《忱行录》、《位西遗稿》、《半岩庐文集》等。