通商产业省主要有以下的机构组成: 主管各种工业部门的“纵向机构”、主管产业、贸易政策的“横向机构”。
纵向机构
·基础产业局主管曾是战后高速经济增长支柱的钢铁工业、有色金属工业,以及石油化学和化学肥料等化学工业,按产业性质细分为主管处、科等等。
·机械情报产业局主管知识密集型产业,即今后将成为日本产业结构核心的机械工业、情报产业、电子工业。
·生活产业局主管同国民生活有切身关系的纤维、生活消费品、住宅设备器械等产业。
横向机构
·通商政策局从国民经济全局出发综合不同产业的观点,谋求贸易的振兴和调整,通过同有关部门的协调,进行通商政策的规划和提案工作。此外还负责推进贸易经济上的经济合作。
·贸易局根据整个通商产业政策的方向,规划和实施具体的进出口政策,负责进出口配额管制和外汇管理,执行进出口检查等,此外还负责有关贸易金融、出口和投资的保险等事务。
·产业政策局进行产业组织政策的规划和起草工作,通过工业合理化和改善经营管理,加强工业企业的国际竞争力。此外,还负责对外国企业直接投资,引进外国技术以及海外投资政策的规划等工作。
·新厂配置、公害局负责进行工业布局政策的规划和实施工作,负责监管新厂布局合理和工厂绿化。执行工业重新布局计划,通过控制地下水的使用和建设工厂用水道等办法确保工业用水及其稳定供应等具体工作,另一方面还负责推进防止产业公害,处理和利用产业废弃物。此外还负责监管石油天然气联合企业的安全,同时也负责确保矿山的安全。