超级用户拥有很高权限的同时,如果使用不当也会存在很大的安全风险。为了使病毒、恶意软件与普通的用户错误不对整个系统产生不利的影响,在系统里日常任务都是由无法进行全系统变更的普通用户账户所完成。在组织机构中,超级用户权限一般都预留给经验丰富的授权人士使用。而且,将超级用户当作一般用户账户使用也不是一个好习惯,因为即使是输入命令时的微小错误都可能对系统造成严重破坏,因而较为明智的做法是创建一个普通用户账户用作日常使用,需要超级用户权限时再用命令切换到超级用户。
超级用户拥有对网络的特殊权利,但也是有限度的。要想加入超级用户不仅需要办理复杂的网络手续,还要有高超的网络技术,最好有专业证书,还要通过专业考试和试用期。还要有网络经验和道德。