建武十八年，迁豫州治于谯县。二十年六月乙未，谯县改属沛国。建安十八年（213年)为谯郡治。黄初三年（222年)，诏以谯城为陪都，与长安、许昌、洛阳、邺并称“五都”。晋永昌元年（322年)十月，后赵石勒陷谯城，豫州改治寿春（今寿县城关镇），义熙十三年（417年)为北谯郡治。东魏时，废入小黄县（也在今亳州市区）。隋大业三年（607年)四月，改小黄县为谯县，为谯郡治。唐武德四年（612年)，为亳州治。天宝元年（742年)二月，改亳州为谯郡，至德二载（757年)十二月，改谯郡复为亳州，谯县均为治所。金贞元三年（1215年)，升亳州为集庆军，谯县为军治。南宋端平元年（1234年)，蒙古改集庆军为亳州。元至正十五年（1355年)二月至十八年五月，谯县为红巾军所创大宋龙凤政权的首都。明洪武元年（1368年)，撤销谯县入亳州。