宪法149条第三款规定：宪法未明确赋予国家的职权，可由自治区根据其章程行使；自治章程未承担的职权，由国家行使。在发生冲突的情况下，在所有未划为专属自治区职权的问题上，国家高于自治区。在任何情况下，国家的权力均是自治区权力的补足。中央政府在各自治区设立了代表处，其职能是在自治区政府面前代表中央政府、行使中央政府职能、协调各级政府之间的关系。如自治区内的社会保险、入境食品检验检疫、移民、打击有组织犯罪、铁路及港口等职能均由中央政府驻自治区代表负责。各级政府之间不是严格意义上的上下级关系，当出现争议时，将通过司法部门予以解决。如2005年加泰卢尼亚自治区议会签署了新的自治章程，一些条款超越了西班牙宪法的相关规定，中央政府并无权直接废止该章程，而是交由西班牙宪法法院裁决。

西班牙中央与地方事权划分以宪法为基础，不能轻易改变。但随着部分地区民族意识不断高涨，自治区希望通过修改自治章程逐步扩大自治权利，如2005年加泰卢尼亚新自治章程，尽管很多条款因被宪法法院裁定违宪而删除，但与之前的章程相比仍扩大的一定的自治权。德国纽伦堡大学政治学教授Roland Sturm甚至认为，此起彼伏的独立运动以及中央政府在自治区问题上的软弱态度，正在令西班牙转变成一个联邦国家。

西班牙全国共有17个自治区，下设50个省、8100多个市镇。每个自治区由一个或多个省组成，每个省由若干个城市、村镇或岛屿组成。市镇享有完全的法人资格。其治理由市长和市政委员组成的市政府负责。省由市镇和地区组成，由省议会负责管理。自治区由具有共同的历史、文化特征的毗领省份、岛屿地区以及在历史上曾是一个地区单位的省份组成，自治区政府行使行政管理。只辖有一个省的自治区没有省议会。