冷泉为纯的第三子，出生后被称为神童，幼年在播州龙野剃发，自号宗舜。十八岁时，因父亲为纯被三木城主别所长治攻灭，宗舜为了报仇及再兴家名，曾投至羽柴秀吉设于姬路的本阵。战后，宗舜上洛向叔父泉和尚（相国寺）学习儒学，专门研究朱子学。他开创了学术独立之端，其所著的“假名性理”、“四书五经倭训”，是最早用日文撰写的宣扬宋儒的书籍，为日本儒家摆脱宗教教条立下基础。由于宗舜的学问好，因此甚受幕府尊重，德川家康曾以二千石俸禄欲将宗舜召出，但却被婉拒。庆长九年，他四十四岁时，德川三百年官学之祖林罗山入门。翌十年，当家康在京都二条城召见宗舜，并询问仕官的意愿时，他立即推荐林罗山代其仕官。元和五年九月十二日，藤原惺窝去世，享年五十九岁，并葬于相国寺。其门下弟子中，林罗山、石川丈山、松永尺五、那波活所、堀杏庵都极为杰出，有“五大天王”的美誉。

日本德川幕府初期的唯心主义哲学家，日本近世儒学的开创者。幼年聪颖，18岁削发为僧，钻研禅学。后来读到中国宋儒的著述，认为佛教轻视人伦，逐渐产生离佛归儒的思想，从30岁前后起专攻儒学。他曾想来中国求学，因乘船中途遇风而没有成功。当时日本的儒学还停留在训诂的阶段，他却依据程颢、程颐和朱熹对儒家经典的新注研究儒学，认为朱熹独得道统之传，终于创立了日本的朱子学派京师学派。以后这个学派在日本逐渐成为占统治地位的学派之一。

惺窝的哲学思想传自朱熹的客观唯心主义。惺窝更加强调精神的作用，把理看作是宇宙的唯一根源。按照他的观点，天道、人性以及元、亨、利、贞、仁、义、礼、智都是理，所谓“天人一理”。他说：“夫天道理也。此理在天且赋以物则曰道，在人心且应于事则曰性，性亦理也”。他的思想特点是：①与阳明学妥协，说朱熹和王阳明的言论似异而实际上入处相同；②以儒学解释日本的神道，认为儒学和神道都以正我心、怜万民为最高宗旨；③认为佛教也讲正心、治国、安万民，不应一概加以排斥。他追求“一念至诚”以达到“天人合一”的境界。在经济思想上，他主张生之者众、食之者寡。

惺窝虽然一生没有做官，但是，他曾为德川幕府的创建人德川家康讲解儒学，他的思想基本上适应了德川幕府统一日本后政治、经济发展的要求。他培育出林罗山、松永尺五、那波活所、堀杏庵等著名学者。

主要著作有：《文章达德纲领》《寸铁录》《千代茂登草》等