萨纳加河干流朝西南流，横穿中部高原，先后经过楠加埃博科、莫纳泰勒以及埃代阿等城市到达宽阔的河口三角洲，在杜阿拉以南大约48km处注入几内亚湾。萨纳加河干流全长523km，如从洛姆河源头算起，全长920km，流域面积13.5万平方公里，多年平均流量2190立方米/秒，径流量691亿立方米。流域位于东经9°38′～14°54′，北纬3°35′～7°21′之间。

萨纳加河水系复杂，支流众多，汇入该河的支流多达25条以上，主要支流有：杰雷姆河、恩多（Endo）河、托特（Tot）河、永（yong）河、林科姆（Linkom）河、恩杰凯（Engjecai）河以及姆巴姆（Mbam）河等。　杰雷姆河是萨纳加河的一条重要源流，发源于北方省梅甘加市西北15km附近，河流先向西流，经姆巴考（Mbacaou）水库以后转向南流，先后接纳维纳（Vina）河、门（Meng）河、梅基埃（Meijie）河、梅卢（Melu）河等支流，在戈尤姆以北大约15km处汇入萨纳加河。

姆巴姆河是萨纳加河最大的支流，发源于尼日利亚与喀麦隆边境阿达马瓦山东南坡靠近桑博拉博的地方，河流先向南流，继而转向西流，到达马巴附近再转向南流，最后在莫纳泰莱东北大约20km处汇入萨纳加河。主要支流有：塔拉姆（Taram）河、马贝（Mabe）河、吉姆（Jim）河、农（Noun）河、恩吉姆（Enjim）河等。　萨纳加河流域干支流流经高原、山地，蕴藏着丰富的水能资源，但开发得较少。到目前为止，仅修了几座坝，坝都不很高，最大的水库库容达26亿立方米。