万历中期，萧如熏担任宁夏参将，奉命守卫平罗城。万历二十年(公元1592年)二月，原宁夏副总兵哱拜(鞑靼降将)勾结宁夏卫下级军官刘东旸，利用宁夏巡抚党馨扣发兵卒的冬衣、粮食兵卒不满的机会，发动叛乱。叛军杀死党馨等高级官员，控制宁夏城(今宁夏银川市)。叛军首领刘东旸自封总兵，哱拜之子哱承恩和许朝也自称左右副总兵，土文秀、哱云(哱拜的义子)为左右参将，共同推举哱拜为谋主，叛乱全面爆发。哱承恩进攻玉泉营，俘获了守将游击傅桓。进攻中卫、广武，守军参将熊国臣等弃城逃跑，一时叛军气焰十分嚣张，很快就横扫了河西四十七堡。但是，当土文秀进攻平罗时，萧如熏率军坚守城池。萧如熏的夫人杨氏是尚书杨兆的女儿，贤淑而有智慧，也帮助丈夫死守平罗城。她变卖了自己的首饰，自购食品，每天准备肉和酒，亲自上城犒劳将士。 云是叛军中最为勇猛的干将，他引来河套鞑靼首领著力兔猛攻平罗城。萧如熏在平罗城南关设下伏兵，自己假装兵败，引诱叛军进入南关，又突然率部杀了个回马枪。他一马当先，亲手射死哱云，迫使叛军纷纷败逃。萧如熏乘胜捣毁著力兔大营，俘获大批敌军和牲畜。著力兔不服，再次组织攻城。此时，他又配合朝廷派来的援军，打败著力兔。萧如熏坚守平罗城长达几个月，平罗城得以保全。“铁打的平罗城”从此名扬西北塞上。万历皇帝得知萧如熏坚守平罗，孤城抗贼，十分高兴，特别给予丰厚的奖赏，并升任他为宁夏镇副总兵官。六月，再次破格提拔他为宁夏镇总兵官，统一指挥延绥、甘肃、固原诸路征剿大军。当年九月八日，官军对宁夏城叛军发起总攻击。官军采取水浸北关，又调集舟筏作出进攻北关的姿态，以吸引叛军主力。与此同时，萧如熏与援军李如松各部突然率大队人马进攻宁夏城南关，一举攻破南关。明军乘机以利禄引诱，离间城内叛军将领，制造内讧。此时，刘东旸杀死土文秀。哱承恩、周国柱又杀死许朝、刘东旸，叛军内部群龙无首。官军乘乱攻入宁夏内城。九月十七日晨，哱承恩到南门请求投降被拘押。李如松率兵包围叛军总头目哱拜府第。拜见大势已去，合家自焚而死。其子哱承宠、养子哱洪大等均被俘虏。到此，长达七个月的哱拜、刘东旸叛乱，终于平息。因为萧如熏在平息宁夏叛乱的战斗中立功最多，所以再一次得到升赏。其夫人杨氏也受到皇帝的表彰，特为她建立一座功德牌坊。
万历二十二年(公元1594年)八月，河套外的蒙古部落酋长卜失兔率大军进犯陕西定边，并侵入到宁夏固原腹地。驻军副将姜直没抵挡得住，致使卜失兔部众占领了军事要塞下马关(今宁夏同心下马关镇)，在内地纵横近一个月。万历皇帝立即任命萧如熏为总兵官，镇守固原，指挥明军，击退了卜失兔的入侵。后来，皇帝又任命他为宁夏总兵官，再镇宁夏。他对宁夏的边防建设和生产发展做了很多有益的工作，在宁夏的历史上占有重要的地位。先后任蓟州、延绥两镇总兵官。
天启元年(公元1621年)，朝廷感到京城军队不够用，召边将来分营训练，萧如熏负责神机营。熹宗亲自召见他，赐食物嘉奖慰劳。天启二年(公元1622年)，皇帝派萧如熏为徐州总兵官，出镇徐州。不久又召回京城，再以总兵官镇守保定。
萧如熏先后担任明朝宁夏等七镇总兵官，史书评价他，每守一镇，都表现得特别稳重，都有很大的建树。萧如熏不但是一员著名的武将，还非常善于写诗，痴迷于文学。当时很多文人墨客，纷纷求访他，与他讨论诗文，他的家中常常宾朋满座，甚至就连当时著名的文学家沈德对他都大加推崇。
天启五年(公元1625年)夏，萧如熏受到宦官魏忠贤的诬陷，被夺去官职。这位被时人敬称为“抗逆孤忠”的良将，不得不终日以文抒怀，沉迷于诗书之中。崇祯元年(公元1628年)，萧如熏因郁闷加劳累，吐血而死，以悲剧结束了将军的人生。
萧如熏兄弟四人都是明朝著名将领:兄萧如兰，担任过陕西副总兵;弟萧如蕙，担任过宁夏总兵官;萧如芷，担任过提督南京教场。