1948年,突尼斯政府与法国航空达成同意,建立了突尼斯航空。于1949年开始服务。在1957年,法国航空把部分股份数目由降低,然后突尼斯政府就成为最大股东。
1990年,突尼斯航空买了2架空中客车A320,并保持以前的涂装。
1993年-1998年期间,突尼斯航空开始扩展业务至欧洲,增加了往布拉格、布达佩斯、华沙、布拉迪斯拉发、里斯本、林兹、萨尔茨堡、格拉茨、莫斯科、贝鲁特和斯德哥尔摩。但只有往贝鲁特和斯德哥尔摩是正常的定斯班次,往里斯本是季节性班次、其他欧洲目的地都是包机班次。之后莫斯科航班还停止了。
1998年10月21日,突尼斯航空庆祝50周年成立,同时也开始了使用波音727型飞机。
1999年,突尼斯航空和法国航空签署了一项协议,内容是组织联盟。
空中客车A330进入了突尼斯航空机队后,突尼斯航空有可能会开设航班往加拿大蒙特利尔。