在1497年意大利米兰的圣玛丽亚感恩教堂，一封指责达·芬奇在这座教堂旁的修道院餐厅的墙壁上创作的巨画《最后的晚餐》中暗藏亵渎观点的匿名告密信送到了罗马教皇手中，于是，教士奥古斯丁·勒耶受命前往米兰。勒耶是一名密码破译专家，他的任务是潜入圣玛丽亚感恩教堂，破译出达·芬奇画作《最后的晚餐》的秘密。
故事背景设定在1497年文艺复兴背景下的欧洲。当时欧洲处于发现新事物、面临新冲突的时刻，它认识到了各种古典文化的新价值。1497年冬天，莱奥纳多·达·芬奇应米兰公爵邀请，在圣玛利亚感恩修道院绘制壁画《最后的晚餐》。此时，罗马教会接到匿名举报，称达·芬奇在这幅新作中隐藏了一个足以颠覆传统教会的秘密。宗教法庭的检察官前往米兰，查找举报者的身份和达·芬奇画作中的秘密。调查期间，诡异的杀人案不断发生，达·芬奇的朋友接连被害，这一切似乎牵扯到一本传说中的书以及一个地下教派，连达·芬奇本人似乎也与这个教派联系密切，而解开这一切谜题的关键，都藏在那幅《最后的晚餐》中。
小说描绘了宗教法庭的法官兼解码专家阿古思提诺神父，奉命前往米兰调查《最后的晚餐》中隐藏的秘密讯息，却意外卷入接二连三的死亡事件。西班牙作家哈维尔．西耶拉强调以事实作为小说的基础，利用古时代一种在图像上隐藏讯息的方法为主轴，大胆地运用想象力来为那些连历史学家也无法解开的谜团提出惊人解释，创造出一个融合宗教狂热、背叛、谋杀、教会权术、艺术策略与神秘推理等元素的故事。
