进化与升级
在宠物小精灵集玩式纸牌中，除了小精灵的设计可爱外，最吸引人的游戏系统莫过於小精灵的进化了。关於小精灵的进化，玩家一定要弄得很清楚，不然便会错失良机，失去强大小精灵的援助。除了玩家的第一个回合之外，在之后的每个会合里，场上的每只小精灵只能在同一回合里进化一次，而在该回合刚派出的小精灵是不能进化的。
进化神奇宝贝有两个条件限制：1、双方各自的第一回合不能进化；2、刚出场的神奇宝贝不能进化。升级神奇宝贝除了以上两点之外，还有第三个限制：只能为出战神奇宝贝升级。这些限制都是为主动从手牌中进化/升级神奇宝贝所设的，通过特殊能力、训练家卡等效果进行的进化或升级不受这些限制。进化神奇宝贝的方式是将进化卡放置在要进化神奇宝贝的上方，原有的神奇宝贝卡不能丢弃，并且不能主动退化。
进化匹配：从手牌中主动进化场上神奇宝贝必须满足一个条件，手牌中进化卡上所写的进化来源与场上要进化的神奇宝贝卡名一致，除此之外一概不论。只要进化卡上标明的“由……进化而来”与场上神奇宝贝的卡名一致，就可以进行进化，与两只神奇宝贝是否是同一卡包、是否是相同属性无关。
EX神奇宝贝、训练师的神奇宝贝与某某某的神奇宝贝和普通神奇宝贝视作名字不同的神奇宝贝，但三角洲神奇宝贝、Lv.X神奇宝贝视作相同名字的神奇宝贝。
刚出场的概念
“刚出场”是进化与升级的一个最重要的限制条件，所谓“刚出场”的定义是：这张神奇宝贝卡并不是从回合开始前就持续存在，而是在这回合中通过任意方式出现在场上的，交换神奇宝贝并不会改变该神奇宝贝刚出场的状态。当进化或退化一只神奇宝贝时，这只神奇宝贝的最高阶段形态已经改变，所以它被视为在这回合刚刚出现在场上的，这就是为什么不能在同一回合连续进化两次的原因。
例如，使用退化喷雾可以令场上的神奇宝贝退化一次。此时退化后的神奇宝贝就是刚出场的，不能在同一回合内再进化。
阿勃梭鲁的技能“袭击”，拥有效果“若自身是本回合上场的，这次攻击的基本伤害为‘40’。”，如果这只阿勃梭鲁是在游戏准备阶段覆盖在场上的，那么很显然，它在第一回合开始前就已经存在了，所以先攻方第一回合使用“袭击”并不具备特效。
神奇糖果
神奇糖果拥有不受限制跨阶段进化的效果，使用神奇糖果的动作也视为进化神奇宝贝。所以同样不能在第一回合使用神奇糖果。
派出小精灵
在每个回合里, 你都可以从手上派出基本小精灵。通常情况下，每回合只能派出一只基本神奇宝贝。
但要注意的是, 每位玩家的BENCH（后场）中, 最多只可以同时有五只神奇宝贝.
关于使用特殊卡片
使用TRAINER卡时, 要遵照进行卡片上的指示.
除非TRAINER卡有特别的标明, 否则TRAINER卡通常在使用后便要废弃至墓地.
如果使用TRAINER卡放置了一张能量卡上场或者交换等一回合只能进行一次的操作时，不会计算在操作次数里面，也就是说，如果你使用TRAINER卡交换了前场与后场的一只神奇宝贝，你还可以通过正常方式再交换一次。
有一种TRAINER卡，右上角标的是POKEMON TOOL（道具），这种卡一般只能对前场神奇宝贝使用，并且使用后要装备在神奇宝贝身上，到特定的时候再发动效果（比如LUCKY EGG，效果是当前场神奇宝贝被击倒时从卡组里抽牌直到手中有7张牌。那么，在前场神奇宝贝被击倒前LUCKY EGG都不会发生效果）。
SUPPORTER卡与TRAINER卡基本类似，但是它的功能更为强大，所以对它进行了一些限制，也就是一回合只能使用一张SUPPORTER卡片。在你使用过SUPPORTER卡之后，要将它放置在前场的神奇宝贝旁边，在回合结束后才把它弃置到弃牌组里。
STADIUM卡则是长期生效的卡片直到有另一张STADIUM卡上场，并且它对双方都有效，所以一般都会放在双方的游戏场地中间。
关于撤退小精灵
当小精灵受到一定的伤害时, 又或者玩家有甚么游戏策略需要令小精灵撤退的话, 便可在这个阶段令小精灵撤退. 不过要令小精灵撤退可是要付出代价的,那就是撤退费用了. 撤退费用就是代表玩家在小精灵身上要废弃的能量(ENERGY)数目. 没有足够的能量便不能撤退, 要知道这个世上是没有
免费的午餐呢!
并且，一回合只能够撤退（交换）一次（使用TRAINER卡的次数不计算在内）
还有, 双无色能量(DOUBLE COLORLESS)是可以同时当作两点能量来废弃的.
掷硬币的规则
有些小精的攻击是需要抛硬币的, 但这样却惹来了不少麻烦.因为抛硬币的准则人人不同, 所以准则必需统一, 那么便会少了很多纷争了. 基本上, 抛硬币的时候, 硬币(COIN)必需在空中翻过三个筋斗, 最后要落在桌上, 才算成功. 如果落在地上便重掷一次吧!
关于异常状态
常见的异常状态如下：
POISONED（中毒）：在每个你的回合的判定阶段，如果中毒的神奇宝贝是你的ACTIVE POKEMON（前场神奇宝贝），那么放置1个伤害指示物在它的身上（等同于扣除10点HP）
BURNED（烧伤）：在每个你的回合的判定阶段，如果烧伤的神奇宝贝是你的ACTIVE POKEMON，进行一次掷硬币的判定。如果结果是正面，那么放置2个伤害指示物在它的身上。如果结果是反面，则没有任何事情发生。
PALAYZED（麻痹）：如果
麻痹状态的神奇宝贝是你的ACTIVE POKEMON，它将不能进行攻击或者交换。在每个你的回合的结束阶段，将
麻痹状态的神奇宝贝恢复正常。
ASLEEP（睡眠）：在每个你的回合的开始阶段（在判定阶段也可以，但是一个回合只能判定一次），进行一次掷硬币的判定。如果是正面，将睡眠状态的神奇宝贝恢复正常。睡眠状态下的神奇宝贝将不能进行攻击或者交换。
CONFUSED（混乱）：每次你使用混乱的神奇宝贝进行攻击，弃掉需要使用的能量卡之后，进行一次掷硬币的判定。如果是反面，攻击立刻停止，不造成任何结果，并且放置3个伤害指示物在混乱的神奇宝贝的身上。当你将前场混乱的神奇宝贝与后场的神奇宝贝进行正常交换（即不是通过TRAINER卡、SUPPORTER卡、STADIUM卡进行的交换）时，先弃掉交换需要的能量卡，接着进行一次掷硬币的判定。如果结果是反面，交换失败，不解除混乱状态。
当神奇宝贝在后场时，它不会陷入麻痹、睡眠、混乱状态。如果是在这些状态之下回到后场，那么这些状态即刻解除。但是中毒与烧伤在后场依旧保留，不过在后场时不造成伤害。
麻痹、睡眠、混乱三个状态不能共存，如果已经陷入了其中一种状态，则在解除之前绝对不会陷入另外一种状态。中毒与烧伤亦不可共存，但是麻痹与中毒、睡眠与烧伤之类是可以共存的。
LOST ZONE（迷失地带）
迷失地带在场地里并没有特别标明，但是它是一个很
可怕的地方。一般的弃牌都是弃到弃牌组里（DISCARD PILE），但是有些特殊的技能或卡片是可以将牌弃到LOST ZONE里的。如果一张牌被弃到了LOST ZONE里面，那么它在这场游戏里基本就无法再重新使用了，即使是从弃牌组里重新拿卡回卡组或手牌里的TRAINER或SUPPORTER卡，也对LOST ZONE里的卡无能为力！
另外，有的特殊的神奇宝贝或训练师卡可以对LOST ZONE里的卡片生效，例如Mew强盛期（梦幻强盛期）就可以利用它的Poke-BODY直接使用LOST ZONE里的神奇宝贝的技能！
关于胜利条件
这个游戏的胜利条件有两个：
第一、对方把卡组里的牌抽完
第二、己方的奖励卡全部抽到手（如果没有玩奖励卡的游戏，则要事先约定，击倒对方多少只神奇宝贝算作胜利。另外，有一些TRAINER卡是可以从弃牌组里取回神奇宝贝的，也要事先约定好，从弃牌组取回神奇宝贝会不会减少击倒神奇宝贝的数目）。
只要达成以上两个条件中的任意一个，即算己方胜利。另外，如果玩奖励卡的游戏，每击倒对方的一只神奇宝贝，你需要从奖励卡中抽一张卡到手牌里。如果你击倒的是一只Pokemon-EX卡或传说卡（LEGEND），那么你要抽两张奖励卡到手牌。
游戏桌布
