持续旅行的小智与皮卡丘一行人，遇到以表演水中神奇宝贝秀而闻名的小码头马戏团的“广美”。从可与水系神奇宝贝心灵相通的“水之民”的后裔广美口中，小智得知在水之民所建造的海之神殿亚克夏里面，藏有被称为“海之王冠”的秘宝。但是，据说人类的眼睛没有办法看到神殿。 就在此时，海盗“幽灵”来袭想要抢走广美所持有的蛋。在激烈的争夺之中，蛋突然发出强烈的光芒，被称为玛纳霏的梦幻神奇宝贝，就这样在小遥的手中诞生了。而这只玛纳霏正是能解开神殿秘密的关键。 神奇宝贝保育家“阿杰”的任务是护送玛纳霏平安返回神殿。小智他们与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾，而消失在海中。小智他们为了寻找玛纳霏也来到了神殿，此时出现在他们面前的居然是幽灵！他的目的是神殿内水之民的秘宝。可是当幽灵拿走秘宝的瞬间，天花板突然大量进水，亚克夏开始冒泡沉没。到底，秘宝有没有办法再抢回来呢？小智与小遥和玛纳霏的命运将会如何？苍海的王子玛纳霏，现在将引发奇迹…。

小智（サトシ）真新镇出身，以神奇宝贝大师为目标持续旅行的少年。拥有与亚朗一样的波导，。

小遥（ハルカ） 神奇宝贝协调家，橙华道馆馆主千里的女儿。

小刚（タケシ） 以神奇宝贝饲育家为目标持续修行。非常细心，擅长做各种家事及料理。

小胜（マサト） 小遥的弟弟。

杰克·渥克 （昵称杰奇） 追寻着传说之谜的神奇宝贝的保育家。