太安二年，303年。河间王司马颙与成都王司马颖合讨长沙王司马乂。司马颖以陆机为前将军、前锋都督、督北中郎将王粹、冠军将军牵秀、中护军石超等军二十馀万，南向洛阳。石超军进逼缑氏。十月，陆机军与司马乂战于
建春门，溃败，折将十六人，石超亦引兵撤离。
永兴元年，304年。司马颖专权，僭奢日甚，任人唯亲，大失众望。东海王司马越与右卫将军陈眕、长沙上官巳等聚众十余万奉帝征讨，石超统众五万拒之。陈眕以为邺中震恐，不做防备。石超军奄至，大军溃败于荡阴，石超劫惠帝司马衷入邺。后王浚与鲜卑、乌丸及东嬴公司马腾聚众2万讨司马颖，王斌、石超拒之。王浚、司马腾合兵大破王斌，又遣主簿祁弘为前锋，石超与之战于平棘，败绩。