十年，疏言：“苏、松二府额赋最重，由明洪武初以张士诚窃据其地，迁怒於民，取豪户收租籍，付有司定赋额，较宋多七倍、元多三倍，是以民力困竭，积逋遂多。自康熙元年至八年，民欠二百馀万，催徵稍急，逃亡接踵，旧欠仍悬，新逋复积。请敕部覈减二府浮粮，以期岁赋清完。”疏下部议，以科则久定，报寝。时布政使慕天颜请濬吴淞江、刘河，玛祜与总督麻勒吉请以漕折十四万充费。给事中柯耸疏言，东南水利宜乘此兴工，尽疏各支河。下玛祜覆勘。玛祜言各州县支河皆已疏通，吴江县长桥乃太湖泄水耍道，应令开濬。未几，以京口将军李显贵等侵饷事觉，坐不先举发，罣吏议，当左迁，命留任。十二年，黄、淮水涨，清水潭石堤决，高邮等十八州县卫所被灾，玛祜奏请发帑赈济。十五年，霪雨久不霁，以忧卒。遗疏极陈水灾民困，无一语及私。诏褒惜，谥清恪。