研究领域为中西医结合心血管内科学，主要研究方向是：（1）心功能不全的中西医结合病理学基础研究和治疗学研究；（2）动脉粥样硬化和血栓性疾病的应用基础及临床研究；（3）益气中药、活血中药的临床和基础药理学研究。先后参加了国家七五、八五攻关研究、国家九七三项目，并作为设计、负责人承担了国家教育部重点课题1项、国家自然科学基金课题2项和国家中医药管理局课题3项。撰写的科研论文有六次被北京中医药大学和国内地区性会议评为优秀论文，其中2篇为美国MEDLINE数据库所收录。王硕仁作为第一完成者和第三完成者荣获国家中医药管理局基础研究三等奖和科技进步二等奖各一次。2004年获教育部科技进步一等奖、北京市科技进步二等奖、中华医学科技奖三等奖各一次（第一名）。