明万历二十三年（1595），王圻辞官回里，朝廷赐建十进九院府第，隐居松江之滨梅花源。在村里植梅万株，谓之“梅花源”，自号“梅源居士”，以著书为事。耄耋之年，仍点灯帐中，彻夜写作。以聚书、著述为事。“犹篝灯帐中，丙夜不辍”。学识广博，编《续文献通考》254卷，成于万历十四年（1586）。兼采《通志》之长，仿《文献通考》体例，又多分出节义、谥法、六书、道统、氏族6门，计30门，年代与《文献通考》相接，上起南宋嘉定间，至明万历初年止。记载较杂乱，但收集资料较多，明代部分尤为丰富。个人收藏图书甚富，万历间他与宋懋澄、施大经、俞汝楫并称上海四大藏书家。与其子王思义合编《三才图会》106卷，14门，其中考证历代宫室、器用、服饰、珍宝，绘制成图，为后世研究古物、古建筑者提供了重要资料。主纂《青浦县志》，为青浦县第一部县志。字永侯，康熙间诸生，承其祖父遗书，复又手辑藏书万卷，蝇头细书，考校至老不衰。

王圻学问渊博，著述宏丰，传世的有《洪洲类稿》4卷、《三才图会》105卷、《两浙盐志》、《续文献通考》、《谥法通考》、《稗史类编》、《云间海防志》等，并主纂万历《青浦县志》。85岁病故，卜葬于家乡十都腾圩，神宗派员御祭。所注有《周礼》，《武经》。还著有《水利考》，《明农稿》，《吴淞江议》，《洗冤录》，《古今考》。