单分体基因组，其3’端无Poly （A），5'端是否具帽子结构尚不知，也不清楚感病组织中是否形成亚基因组RNA。基因组含有3个
ORF，其中ORF 1编码23kDa蛋白，对ORF 1琥珀终止密码子的超读产生一个84kDa蛋白，被认为组成病毒的
聚合酶。ORF 2编码48.2kDa的外壳蛋白，ORF 3在ORF 2之内，但其读码框不同，该ORF编码一个8kDa的
多肽，可能是移动蛋白。根据
番茄丛矮病毒科成员的序列保守性及基因组结构推测，在寄主植物中可能产生一个亚基因组RNA来表达3’端的外壳蛋白ORF 2和O
燕麦褪绿矮化病毒的基因组及其产物
RF 3。该属燕麦褪绿矮化病毒的RNA已测序。
