1947年部分欧洲国家成立了“欧洲关税同盟研究团”。该团1950年12月30日在比利时首都布鲁塞尔开会，制定了三个有关关税事项的公约：(1)《设立海关合作理事会公约》；(2)《海关税则商品分类目录公约》；(3)《海关商品估价公约》。关税合作理事会就是根据第一项公约于1952年12月正式成立的。

海关合作理事会，是第二次世界大战后西欧各国寻求联合的产物，也是各国海关事务国际化的必然发展。该组织是目前世界上唯一的政府间国际海关组织。中国于1983年7月18日交存加入书，并于同日对我国生效。

理事会的宗旨是：研究有关关税合作问题，审议征税技术及其经济因素以统一关税，简化海关手续，确保对其他两个公约的统一解释和应用。监督各国的执行情况，负责调解纠纷，并向成员国提供有关关税、条例和手续方面的情报和咨询。

海关合作理事会成立以后即对各成员国海关税则中复杂各异的商品分类删繁就简，并制定了一部《海关合作理事会税则商品分类目录》(又称《布鲁塞尔税则》)，已被世界上100多个国家和地区采用。《海关合作理事会税则商品分类目录》在与《国际贸易标准分类》(Standard International Trade Classification-SITC)相转换的基础上出了第三版。目前又在经联合国贸发会议、关贸总协定、国际商会等组织和美国、加拿大等60多个国家协作的基础上编制了《协调商品名称和编码制度》(简称“协调税制”)，以适应国际经济、技术和贸易发展的需要，同时供各种经济贸易活动所采用。我国于1992年始采用《协调税则》，以便与国际经济贸易在具体制度和技术上接轨，同时也为参加关税贸易谈判做好准备。另外，海关合作理事会布鲁塞尔海关估价定义所定“正常价格(normal value)曾被100多个国家和地区所采用，在国际贸易领域有较大影响。

海关合作理事会有一套比较严密的组织机构，它包括：理事会、常设技术委员会、品目表委员会、政策委员会和过渡协调系统委员会。每个机构都只能在本公约确定的职权范围内活动。秘书处是其常设机构，下属几个业务司负责协助相关的委员会工作，重大问题由理事会全体代表大会讨论决定。理事会有自己单独的财政预算，经费主要来源于各成员国交纳的会费、成员国和其他渠道的捐款。理事会是一个独立的实体，不依附于任何国际组织。它虽不是联合国的下属机构，但与联合国及其主要的、附属的和专业的机构以及其国际组织建立联系，以充分保证其在完成各项任务方面得到合作。理事会还是一个技术性很强的国际海关组织，提供场所和创造条件，并不办理具体海关业务，也尽量避免干预成员国海关的内部事务。自理事会成立以来，发挥了两个方面的作用：一是在海关工作的方向、政策、制度、法令等方面；二是在海关业务的指导方面。