按航行的区域分类
水路货物运输按船舶航行区域，可划分为内河运输和海上运输，这是水路运输的基本运输形式。
按货物包装分类
按货物的包装状况可分为散装货物（无包装）、集装箱、单元滚装运输等。集装箱运输和散装货物运输是我国水路运输的主要形式。
按运输货物性质和特点分类
按运输货物性质和特点分为普通大宗货物运输（如煤、砂、矿石等）和特种货物运输（如活植物、活动物、危险品货物、笨重、长大货物、易腐货物等）
按合同的承租期限分类
按水路货物运输合同的承租期限分为航次租船运输、定期租船运输、包运租船运输。
按货物运输组织形式分类
按货物运输组织形式可分为直达运输和多式联运等