根据德川家康的遗命，水户家的历代藩主是为“天下副将军”，必须辅佐幕府将军。而家康也规定，如果将军秀忠的男系子孙断绝时，只能从尾张藩或纪伊藩中挑选男子继承，不得从水户家挑选。不过，后来出生于水户的庆喜，因为过继给一桥德川家的养子，才得以成为幕府将军。
水户家除了本藩外，还包含了四个支藩，赞岐国高松藩的高松松平家、陆奥国守山藩的守山松平家、常陆国府中藩的府中松平家、常陆国宍戸藩的宍戸松平家。水户藩的历代藩主都不算长命，但子嗣并没有因此断绝。到了江户时代后期，其他亲藩的子嗣断绝后，也几乎是从水户家领养嗣子的。尾张藩的德川庆胜，会津藩的松平容保，也是过继到高须藩当继子的松平义和的子孙。
明治维新后，水户藩被列为华族（贵族），被授予侯爵的地位，后来升到公爵。十三代当主国顺，设立财团法人水府明德会。并保存了德川光国的茶室迹。